目前还没有针对生物安全柜的消毒标准，由于生物安全柜的特殊性，过滤器( HEAP) 通常对0.3μm 微粒滤除于99.97%，一般的水溶剂很难穿透。通过擦拭和喷洒消毒剂的方法只能安全柜表面和工作区空间的病原微生物，而空间灭菌是指把物体上所有的微生物( 包括细菌芽孢在内) 全部。

生物安全柜在每次使用前后，要清除生物安全柜内表面的污染。工作台面和内壁要用消毒剂进行擦拭，所用的消毒剂要能够安全柜里可能发现的任何微生物。在每天实验结束时，应擦拭生物安全柜的工作台面、四周以及玻璃的内外侧等部位来清除表面的污染。在对目标生物体有效时，可以采用漂白剂溶液或70%酒精来消毒。在使用如漂白剂等腐蚀性消毒剂后，还必须用无菌水再次进行擦拭。

我国行业标准 YY 0569 － 2011《Ⅱ级生物安全柜》仅在附录中给出了推荐的消毒程序—使用多聚甲醛进行熏蒸，但甲醛消毒后需用氨水中和，中和后会残留一些甲醛和中和产物，因此长期频繁使用对人员危害极大，这也间接导致了该消毒方法的使用频次低。国内也有报道采用二氧化体进行终末消毒，但由于稳定性问题，目前实际应用不多。由于具有很强的氧化能力，能破坏细菌菌体且分解产物是无毒无害的水和氧气，具有不会形成二次污染等特点。